Crê-se que só em 1587 ficou totalmente concluída, segundo atesta a data inscrita no arco triunfal, enbora por volta de 1640, a igreja tenha sido totalmente reconstruída e sofrido obras posteriores, nomeadamente devido aos estragos causados pelo terramoto de 1755. O templo, em que coexistem elementos renascentistas e barrocos, está dividido em três naves, separadas por quatro arcos torais de volta perfeita assentes em colunas toscanas, e capela-mor, com duas sacristias de planta quadrangular adossadas às naves laterais e torre sineira adossada à fachada. A fachada principal possui três registos, sendo delimitada lateralmente por pilastras toscanas rematadas por pinhas. No primeiro registo, temos um portal de moldura em arco abatido com friso saliente ladeado por pinhas, tendo gravada a data de 1779. Sobre o portal, no segundo registo, um nicho rematado por concha alberga a imagem de São João Batista, ladeado por duas janelas de moldura semelhante à do portal principal. No último registo, foi rasgada ao centro uma janela com moldura em arco abatido. O remate da fachada é feito em empena com cornija. A Igreja Matriz de Pedrógão Pequeno está classificada como Imóvel de Interesse Público, desde 1993.