Esta igreja, era inicialmente conhecida por Capela Real, conforme o registo de José Lopes Baptista na “Descrição Topográfica da Villa de Chaves, e seus arrabaldes”, num desenho feito em 1758. Aliás essa designação foi influenciada pela existência ao lado do “Hospital Real”. A Capela, agora conhecida pela Igreja de S. João de Deus, devido aos frades da ordem, que davam assistência no referido Hospital.
Este edifício, é um imponente templo barroco que D. João V ali mandara edificar, pelos anos de 1720 ou 1721 e prolongando-se até ao ano de 1750, época em que faleceu o magnânimo monarca, ficando por acabar, não se sabe ao certo se pela morte do monarca, ou se a obra era demasiado dispendiosa. Ainda se pode ler nos dois sino do campanário as seguintes legendas: no grande – Viva el-rei de Portugal D. João V, 1734; e no mais pequeno – Viva el-rei de Portugal D. João V, 1750.
O Plano e vistoria dos trabalhos ficaram a cargo de Tomé de Távora e Abreu, flaviense ilustre. A igreja é um esplêndido edifício barroco de forma octogonal, servido por um corpo central, desde a entrada ao altar-mor, e dois corpos laterais, instalando a sacristia e um salão, rematado por um teto em abóbada de pedra e cal, com zimbório alto de oito janelas.
A fachada apoia-se sobre quatro pilastras que sustentam uma cornija central, abrindo-se o templo através de uma larga porta, ladeada por dois postigos ovais, sob a cornija, uma ampla janela central e duas janelas laterais.
Seguem-se duas pilastras ladeando o andar superior, ostentando ao centro um escudo monumental das Armas de Portugal, saliente e frondoso é típico dos tempos de D. João V.O trabalho em pedra, simultaneamente grandioso e delicado, de uma custódia central ladeada por dois anjos.
Do lado do zimbório e recolhida em relação à fachada, fica uma pequena torre sineira de três sinos.
Como dissemos, a igreja ficou por concluir, mas, arranjando um altar-mor ad hoc, nele se celebraram os ofícios divinos até à extinção das ordens religiosas em 1834, época em que foi profanada servindo para armazém. Em 1839 o coronel Pinto; de cavalaria 6 a mandou limpar fazendo trasladar para ela os santos do convento de S. Francisco, para onde tinham sido levados, até que em 1851, sendo mudado o hospital para o extinto convento e com ele todas as imagens, a igreja ficou deserta e abandonada de novo, pelo período de 23 anos.
Chegou finalmente o ano de 1873 e uma Comissão de devotos, em nome da Confraria das Almas, que até então se havia servido da Igreja matriz da vila, para que lhes fosse feita a concessão do serviço desta igreja, o que acabou por ser concedido por decreto de 23 de Agosto de 1874.
Deu-se, porem, o caso que, passados alguns meses, a aludida Confraria, que tinha estado em confronto com a poderosa Confraria da Misericórdia, voltou de novo a reatar relações com ela e, por isso, se dispôs a servir-se de novo da Igreja matriz, abandonando por completo o culto na Igreja de S. João de Deus.
Foi uma autêntica frustração parente a gente do bairro da Madalena e, perante tal facto e porque teria de fechar-se de novo o culto, formou-se uma comissão de homens bons e católicos, organizaram a nova Confraria de N.ª S.ª dos Remédios. Mantendo-se aberta ao culto até aos dias de hoje, servindo esta de Igreja Paroquial (Paróquia de Santa Maria Madalena)