Apesar de ter sofrido um grande desenvolvimento a partir do séc. XVIII, a sua existência remonta, todavia, a épocas bem anteriores.
A influência dos romanos fez-se sentir nesta freguesia. A toponímia atesta esta afirmação. Escariz (Ascariz de Ascariguiz) e Quintandona (de Quintã de Ónega ou de Dona Ónega) isto nos provam. Seriam notáveis núcleos populacionais deste território, fundamentais para a sua organização.
Segundo J. Monteiro de Aguiar, os primeiros documentos escritos referentes à " Villa de Lagares" datam de 1088.
A igreja de S. Martinho de Lagares, apresentando-se hoje com a volumetria arquitectónica desenvolvida nos sécs. XVIII e XIX, é o património construído mais antigo da freguesia e com um passado histórico relevante. Esteve ao culto até 22.08.1971. Nela se encontrou uma ara romana.
As inscrições que apresenta dedicam-a aos Lares Anaeci. Esta ara terá sido reutilizada, mais tarde, como base do altar do templo cristão existente entre os sécs. X-XI. Na Idade Média a Freguesia de Lagares inseria-se no chamado território de Anégia.
Entre os valores arquelógicos existentes nesta freguesia, salientemos: várias sepulturas medievais, moedas em cobre (ceitis e reais de D. Sebastião), cerâmicas, um machado de pedra polida e ainda um capital toscano tardio, datado do séc.IV.
Em 1153, segundo Frei António Assun-ção Meireles, há notícia da doação dos seus bens ao Mosteiro de Paço de Sousa por Baemira Austriz e sua irmã.
Em 1184, Mendo Moniz e sua mulher Cristina doaram também a parte do padroado que lhes pertencia, ao referido Mosteiro. Este mesmo padroado viria a ser confirmado por Gregório X e só em 1614 a vigairaria desta igreja seria separada, ficando a pertencer ao Colégio dos Jesuítas em Évora.
No séc. XVIII, quando da extinção da Companhia de Jesus e doação dos seus bens à Fazenda da Universidade de Coimbra, a igreja veio a ser incorporada por Provisão Régia de 4 de Julho de 1774, no padroado novo daquela instituição universitária.
No Foral Manuelino de Penafiel, o Rei Venturoso, não esquece alguns casais de Lagares exigindo alguns tributos para consolidação das finanças régias, e portanto dar força ao poder central.
No séc. XVI, em lagares um casal do lugar de Escariz, pertencia a uma filha do Pero Vaz de Caminha e de sua mulher Catarina Vaz. Estas casas eram emprazadas pelo Mosteiro de Paço de Sousa a Isabel de Caminha e seu marido de nome Osório.
A maior partes das terras pertenceram, até ao séc. XVIII, às Mesas Abacial e conventual do Mosteiro de Paço de Sousa. Lagares, reitoria (mais tarde abadia) e sua anexa S.Tiago da Capela, foram de apresentação da mitra e comenda da Ordem de Cristo. Era seu comendador o Conde de Ega e Alcaide-Mor das vilas de Guimarães de Soure. Ayres Saldanha de Albuquerque Coutinho Mattos e Noronha.
